Органами государственного финансового контроля являются Счетная палата Республики Узбекистан, Министерство экономики и финанов Республики Узбекистан и его уполномоченные подведомственные органы и Инспекция государственного финансового контроля Департамента по борьбе с экономическими преступлениями при Генеральной прокуратуре Республики Узбекистан.
Государственный финансовый контроль в части доходов Государственного бюджета и бюджетов государственных целевых фондов в пределах предоставленных полномочий осуществляется органами государственной налоговой службы.