Дополнительная таможенная экспертиза назначается для восполнения имеющихся в заключении первой (предыдущей) таможенной экспертизы пробелов и производится тем же или другим экспертом либо комиссией экспертов.
Повторная таможенная экспертиза назначается, когда заключение необоснованно или его правильность вызывает сомнения либо признаны недостоверными доказательства, положенные в его основу. Повторная таможенная экспертиза также может быть назначена, когда заключение по первой (предыдущей) таможенной экспертизе было обжаловано уполномоченным лицом или иным заинтересованным лицом, а также (опротестовано) прокурором.
При назначении повторной таможенной экспертизы перед экспертом (комиссией экспертов) может быть поставлен вопрос о научной обоснованности ранее примененных методов исследования.
В решении о назначении повторной таможенной экспертизы должны быть приведены мотивы несогласия органа, назначившего повторную таможенную экспертизу, с заключением первой (предыдущей) таможенной экспертизы.
Производство повторной таможенной экспертизы поручается другому эксперту или комиссии экспертов. Эксперт (комиссия экспертов), производивший первую (предыдущую) таможенную экспертизу, может присутствовать при производстве повторной таможенной экспертизы и давать пояснения, но в исследовании и составлении заключения не участвует.